Το Ινστιτούτο Δασικών Ερευνών (ΙΔΕ) ιδρύθηκε το 1961 με το Β.Δ. 4/2-1-61 και καταρχήν λειτούργησε ως Σταθμός Δασικών Ερευνών Μακεδονίας – Θράκης. Τα αντικείμενα στα οποία δραστηριοποιήθηκε αρχικά ήταν η καλλιέργεια και η παραγωγή βελτιωμένων κλώνων λεύκης και η οικολογία και βελτίωση των ορεινών βοσκοτόπων.
Το 1965 αποκτήθηκε το αγρόκτημα Λουτρών Θέρμης έκτασης 291 στρεμμάτων και το Υπουργείο Γεωργίας παρεχώρησε κατά χρήση τα αγροκτήματα Χρυσοπηγής Σερρών, Στρυμόνα και Αξιού. Το έργο που πραγματοποιήθηκε από το Σταθμό ήταν αξιόλογο και αποτέλεσε το «θεμέλιο λίθο» για να μετεξελιχθεί στο σημερινό πολυκλαδικό Ινστιτούτο.
Συγκεκριμένα, το 1966, με το Β.Δ. 810/66 μετονομάζεται σε Κέντρο Δασικών Ερευνών Βορείου Ελλάδος και εμπλουτίζεται με νέα αντικείμενα (Εντομολογία, Εδαφολογία, Υδρολογία). Το 1977, με το άρθρο 125 του 433/77 Π.Δ. περί Οργανισμού του Υπουργείου Γεωργίας και τη γνωμοδότηση 215/8-7-77 του Τεχνικού Συμβουλίου Δασών μετονομάζεται σε Ίδρυμα Δασικών Ερευνών Θεσσαλονίκης και τους εξής τομείς έρευνας:
Τομέας Δασοκομικής και Δασικής Γενετικής
Τομέας Δασικής Σταθμολογίας
Τομέας Δασικής Υδρολογίας
Τομέας Προστασίας Δασών
Τομέας Τεχνολογίας Δασικών Προϊόντων
Τομέας Λιβαδοπονίας
Τομέας Λεύκης
Τομέας Δασικής Διαχειριστικής και Οικονομίας
Τομέας Δασικής Τεχνικής
Το 1988, με το ΦΕΚ 187/26-8-1988 Π.Δ. αριθ. 402/ άρθρο34, μετονομάζεται σε Ινστιτούτο Δασικών Ερευνών και την εξής περιγραφή: Το Ινστιτούτο Δασικών Ερευνών, με έδρα τη Θέρμη Θεσσαλονίκης και περιφέρεια δικαιοδοσίας ολόκληρη τη χώρα, έχει ως αντικείμενα έρευνας τη διερεύνηση των προβλημάτων της ελληνικής δασοπονίας και των συνθηκών των ελληνικών δασών, την αύξηση της παραγωγής ξύλου και λοιπών δασικών προϊόντων και επέκταση των δασικών πόρων της χώρας, την προστασία των δασών από βιοτικούς παράγοντες, την τεχνική συγκομιδής δασικών προϊόντων, την ορεινή υδρονομική και διαχείριση ορεινών λεκανών απορροής και την αύξηση της παραγωγικότητας των ορεινών βοσκοτόπων.
Το 1989, με την παραπάνω μορφή εντάσσεται στο νεοσύστατο ΕΘ.Ι.ΑΓ.Ε. που ιδρύεται με το Ν. 1845/ 1989 (ΦΕΚ 102 Α΄). Το Δ.Σ. του ΕΘ.Ι.ΑΓ.Ε. στις 27/9/1995 εγκρίνει τη δημιουργία των ακόλουθων οκτώ τομέων και ενός τμήματος για το ΙΔΕ:
Τομέας Δασοκομικής και Δασικής Γενετικής
Τομέας Αρχιτεκτονικής Τοπίου, Αναψυχής και Αποκατάστασης Περιβάλλοντος
Τομέας Προστασίας Δασικού Περιβάλλοντος
Τομέας Δασικής Οικολογίας
Τομέας Υδρολογίας
Τομέας Υλοχρηστικής και Τεχνολογίας Δασικών Προϊόντων
Τομέας Δασικής Διαχειριστικής και Οικονομικής
Τομέας Λιβαδοπονίας και Θηραματοπονίας
Τμήμα Διοικητικών και Οικονομικών Υπηρεσιών
Το 2001, με τον Ν. 2945/ 2001 (ΦΕΚ 223 Α) και το 1378/Β/ 26-9-2003 ΦΕΚ (ΚΥΑ 264757/ 19-9-2003) έγινε αναδιάρθρωση της οργανωτικής και ερευνητικής δομής του ΕΘ.Ι.ΑΓ.Ε. και κατ’ επέκταση του Ινστιτούτου Δασικών Ερευνών. Συγκεκριμένα το πολυκλαδικό Ινστιτούτο Δασικών Ερευνών διαρθρώνεται στα εξής εργαστήρια:
Εργαστήριο Συγκομιδής& Τεχνολογίας Δασικών Προϊόντων
Εργαστήριο Δασοκομικής, Γενετικής & Βιοτεχνολογίας
Εργαστήριο Δασικής Οικοφυσιολογίας, Εδαφολογίας & Υδρολογίας
Εργαστήριο Προστασίας Δασικών Οικοσυστημάτων & Πυρκαγιών
Εργαστήριο Λιβαδικών Πόρων
Εργαστήριο Δασικής Διαχειριστικής & Οικονομικής
Εργαστήριο Δασοπονίας Περιβάλλοντος & Άγριας Ζωής
Το 2011, με την υπ’ αριθμ.188763/10.10.2011 (ΦΕΚ 2284 Β΄/13.10.2011) Κοινή Απόφαση των Υπουργών Οικονομικών και Αγροτικής Ανάπτυξης & Τροφίμων συστήνεται νέος Οργανισμός με την επωνυμία «ΕΛΛΗΝΙΚΟΣ ΓΕΩΡΓΙΚΟΣ ΟΡΓΑΝΙΣΜΟΣ – ΔΗΜΗΤΡΑ» στον οποίο συγχωνεύεται το ΕΘΙΑΓΕ μαζί με άλλους εποπτευόμενους φορείς του Υπουργείου Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων και το Ινστιτούτο Δασικών Ερευνών υπάγεται πλέον σε αυτόν τον Οργανισμό.
Διατελέσαντες Διευθυντές του ΙΔΕ
| Ονοματεπώνυμο | Από | Εώς |
| Λεωνίδας Λιάκος | Ίδρυση του ΙΔΕ (1962) | 1971 |
| Ορέστης Κατσάνος | 20-02-1971 | 20-03-1973 |
| Ορέστης Κατσάνος | 27-12-1973 | 24-02-1977 |
| Ορέστης Κατσάνος | 23-12-1978 | 13-08-1979 |
| Δημήτριος Αστέρης | 01-09-1973 | 14-12-1973 |
| Ιωάννης Θέμελης | 24-02-1977 | 17-10-1978 |
| Νικόλαος Παπαμίχος | 17-10-1978 | 22-12-1978 |
| Νικόλαος Παπαμίχος | 15-08-1979 | 08-05-1980 |
| Ιωάννης Γαρύφαλος | 09-05-1980 | 12-01-1987 |
| Σωτήριος Αλεξανδρής | 13-01-1987 | 30-01-1991 |
| Λάμπρος Ρωμανάς | 01-02-1991 | 18-05-1992 |
| Παύλος Κούκος | 19-05-1992 | 21-04-1994 |
| Στέφανος Διαμαντής | 22-04-1994 | 31-08-1997 |
| Σταύρος Αβραμίδης | 01-09-1997 | 31-03-1999 |
| Θωμάς Παπαχρήστου | 01-04-1999 | 31-12-2023 |
| Σάββας Καζαντζίδης | 01-01-2024 | σήμερα |